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在本节中我们将讨论部分在海洋生物中常见的自然毒素和部分农产品中常见的自然毒素。
前面已讨论过食品中微生物的危害，但并不是所有的食品危害都由微生物直接引起，有些是由于微生物的副产品或食品原料本身所引起的化学危害。
一、海洋毒素
鱼类产品，自然地由于海洋毒素的影响会产生一些独特的食品毒素。我们应对此引起重视，目前在鱼类产品中发现的某些毒素是地球上毒害最严重的物质。部分有毒物质是特别低等的。有些是耐高温的，不是普通的烹饪可以杀死的，而且是不易被探测到的，只能通过一些分析手段才能发现。这些毒素通常不会影响到鱼的外观、气味及口味。应特别注意的一类海产品是软体贝类，包括牡蛎、贻贝和蛤蜊。有些特殊的毒素与它们有关，而且这些有贝类毒素所引起的PSP、DSP、NSP、ASP现象在人类的疾病中也有发现。
贝类毒素
PSP（麻痹）
DSP
NSP
ASP
以上毒素的一个共同点是：它们不是由贝类自身产生，而是其它海洋微生物在贝类中存积存形成。
PSP是由海洋藻类形成，主要存在于软体贝类中。即使食入少量的PSP毒素，也会引起神经系统的疾病，包括：颤抖、兴奋及唇、舌的灼痛和麻木感，严重时会导致呼吸系统麻木以致死亡。PSP毒素存在于世界范围之内，包括美国东西两岸。特别是在阿拉斯加有着携带大量PSP毒素的动物。有趣的是，现已在鲐鱼内脏中，龙虾及许多蟹类中也发现了PSP毒素。
DSP是由另外一种海洋藻类产生，大量存在于软体贝类中一种毒素。所幸的是DSP目前仅在加拿大东岸、亚洲、智利、新西兰及欧洲地区有发现，在美国尚未证实存在DSP毒素。DSP不是一种可致命的毒素，通常只会引起轻微的胃肠疾病，而症状也会很快消灭。
NSP是一种与赤潮有关的毒素，受这种毒素影响的贝类被称为Brevetoxin，也是源自于一种海洋藻类。而且它会导致食物病菌，存在NSP。这种毒素的典型区域为墨西哥湾。美国南大西洋海岸以及新西兰，这类毒素虽不象其它贝类毒类那么严重，但同样也会产生肠胃不舒服及神经系统疾病的症状如神经麻木、冷热知觉的颠倒、即冷热不分。
ASP这种毒素目前只在北美洲东北、西北、海岸有所发现。同样的ASP也是源自一种海洋藻类。已在软体贝类的内脏中有所发现，像蟹类等。这类毒素同时具有胃肠系统及神经系统病毒的症状，包括短时间失忆，即健忘症。严重时也会引发死亡。
尽管加热可能会减少毒素的含量，但最佳的控制毒素的方法是：在允许的海域内捕捞贝类，通常美国政府会监测允许捕捞海域的海藻情况，在条件允许的情况下，也会监测禁捕区。
鳍类毒素
河豚毒素 西加毒素 鲭鱼
有些特定的与鳍有关的毒素包括T.G.S
Tetrodotoxin大量存在于河豚中，在日本的享饪中它被称为fugu，这种毒类是由河豚自身产生的，清理时必须要除掉。如果不慎食入了没有妥善处理的河豚，大约在于20分钟之内就会出现初级的神经系统症状麻痹症，呼吸系统衰竭、痉挛、心脏跳动不规律、而且经常引致死亡。河豚毒素是地球上现发现的毒害最大的原素之一，FDA只在有特殊需求时，才允许河豚进入国内。
西加毒素主要是影响热带、亚热带的礁石鱼类，典型的礁鱼类包括鳍鱼、梭鱼、真鲷、鲑鱼、鲐鱼王。这些鱼类都是因为吃那些以食含毒素的藻类为生的小鱼而存积在体内大量毒素。引起许多症状的毒素大多存活期较短、而因西加毒素这种毒素引发的麻木、颤抖、温度感知颠倒的症状会持续几个月，甚至有报告说持续几年。
鲭鱼毒素：在美国大约有一半的鳍类毒素报告中都包括鲭毒类，这是由于鲭类鱼中含有大量的组胺，而且胺是由于细菌的生长形成的。含鲭毒素的主要三大类鱼是：金枪鱼、马哈鱼、青鱼，尽管在其它鱼中也有发现鲭鱼毒素。
因细菌生长而形成的组胺是完全可以避免的。如果正确处理鱼类，即从捕捞到上桌前的过程都保持冷存，鲭毒素是可以避免的。如果鱼类没有在一定的时间内，温度条件下处理好，那么就非常有可能染毒，如果没有很好的控制毒类的产生，而染毒的食品又被误食，就会出现颤抖、候舌灼痛，上半身皮疹及低血压等症状，通常这些症状的出现的很快，消失的也很快。
二、农业毒素
除在海洋生物中发现的自然毒素外，在农业商品中发现了许多自然毒素。总的来说，这些毒素都是真菌类的。真菌毒素是因真菌形成，在自然界中广泛存在，因此大多数的农产品中都有可能含有真菌。
并不是所有的真菌都有毒，可只要在一定的外部条件下，如水活度情况、温度条件及氧气条件合适的情况下，它就会产生。在各方面条件合适的情况下，真菌毒素会直接进入食品中。如谷物和小麦的生长，真菌毒素也可以间接进入食物链可能导致动物误食了受污染的食物，真菌毒类又会通过以动物为源的食品如奶、奶酪继续延续下去。
黄典霉毒素
黄典霉毒素是从所周知的最危险的毒素之一，尽管它是唯一的一种�；魄苟舅厥乔咕扒辜纳謇嗖囊焕嘟峁瓜喙氐亩纠嘈纬�。在合适的温度、湿度条件下，这类真菌会在各种食品或动物的食物如果仁、各类棉花籽中生长，并产生毒素。
真菌毒素和黄曲霉毒素不会导致那些明显的如海洋毒素所引发的种种症状，但它同海洋毒素一样有危害性。如黄曲霉毒素Ｂ－１这种素性最大的毒素，往往会在产品中占有主导地位，它会导致许多生物的癌病变。包括灵长目动物、鸟类、鱼类及啮齿类生物，这些生物中，最首先受到毒害的是肝脏急速细胞坏死，肝硬化、肝癌都与误食黄曲霉毒素有关。因为没有任何一种动物体内含有黄曲霉菌的抗体，人类也大有可能受到了类似的感染。
普通的食物处理方法不会减少黄曲霉毒素的含量，控制这类由真菌污染而形成的真菌毒素的最佳方法是防止食品受污染或食入已污染的食品。有一些快迅、有效的方法可以鉴别农产品原料是否受黄曲霉毒素的污染。生产厂家在进原料时应注意使用这些方法，以保证生产食品的原料安全、无毒。
