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生长能力的检查是指采用低菌量的特定菌种挑战培养基的菌落回收率，一般而言所谓低菌量是指至少<100 CFU，而所谓特定菌种是指药典规定的标准菌株、控制菌以及不合宜微生物(objectionable)。无论滋养性培养基(例如TSA)或是选择性培养基(例如麦康凯琼脂，MacConkey agar)都需要执行生长能力的检查，然而对于选择性培养基来说，由于目标菌的回收率常常低于滋养性培养基，因此国际药典并未针对选择性培养基的回收率有明确的要求(非强制>50%)，但是对于选择性培养基的抑制能力与指示能力则有特别要求。操作这三种培养基效能检查时，必须注意到接种菌株种类、培养与观察时间的要求是不同的。举例来说，生长能力的检查必需在药典规定的最低时间内完成培养；抑制能力的培养时间则不低于药典规范的最长时间培养；抑制能力须接种>100 CFU（常用的浓度为1,000 CFU左右）的非目标菌株用以挑战其抑制力。
一般来说，微生物限度检查与环境监控培养基通常使用TSA与SDA平板，至少需要5株药典菌株，而无菌性试验则需要6到7种菌株(方法合适性采用大肠杆菌)。然而，除了药典规范的菌株以外，无菌性检查用的培养基最好能够再增加厂内分离菌株加以挑战。最佳的选择可以是过去曾经造成无菌性试验失败的污染菌株，或是曾经在该环境(通常为A、B级区)所分离的菌株。特别要注意的是，若细胞制剂/治疗产品采用了替代无菌性试验方法，例如Bact/Alert血培养设备，在欧洲药典EP 2.6.27的规定中，部分菌株与传统无菌性试验不同，例如新增了在临床常见的厌氧感染菌Bacteroides fragilis ATCC 25285；对于环境监控用培养基，虽然药典并未强制规范挑战菌株为何，但一般来说都是以微生物限量检查常见的五种菌株来检查(金葡、铜绿、枯草、黑曲霉与白念)，然而基于环境中常态菌丛通常为非药典建议QC菌株，例如微球菌(Micrococcus)、表皮葡萄球菌(Staphylococcus epidermidis)、棒状杆菌(Corynebacterium)甚至霉菌及酵母菌等，且基于对消毒剂效能的考虑，建议至少增加2至3种非药典所建议的厂房环境菌株加以挑战培养基效能。若是厂内已经建立有不合宜微生物名单(objactionable organism list)，或是发现了不适当的菌种(例如霉菌、革兰氏阴性杆菌等)都可以采用作为环境监控用培养基的效能检查用菌种。
对于制药用水的检查方式，欧美各国对于培养基的选择各有不同的评论。但目前比较多药厂采用的还是R2A与PCA两种培养基，部分药厂对于源水质量的检查还会增加使用mEndo agar或是显色培养基(chromogenic agar)来评估其革兰氏阴性杆菌。由于存在于水中的微生物通常处于营养缺乏(starvation)或是高压力(stressed)状态，菌种生长较为缓慢，菌落不明显，所以培养条件有些许不同，例如某些药厂采用营养较低的R2A培养基低温培养4-7天，而不是选择常用的TSA或是PCA培养基培养3天。挑战用于制药等级水检查用培养基的菌种，考虑的因子会跟微生物特性有很大的关系。容易形成生物膜(Biofilm)的假单胞菌(Pseudomonas)、甲基杆菌(Methylobacterium)、罗尔斯顿氏菌(Ralstonia)、寡养单胞菌(Stenotrophomonas)应该被列为培养基检查的菌株，例如日本药典建议使用甲基杆菌与假单孢菌；革兰氏阳性菌通常不是水中微生物的主角，它们不耐存活于液态环境，但是带有内孢子的革兰氏阳性芽孢菌，由于能够耐热与UV照射，所以也可以作为培养基挑战之用，例如欧洲药典对于R2A的建议是使用枯草杆菌来挑战；不形成生物膜的革兰氏阴性菌且"非"假单孢菌属，例如大肠杆菌群，虽然这些细菌大部份会在水系统的处理过程被去除(或是无法存活)，但这些肠杆菌科成员却是源水洁净程度的重要指标。然而，药典并没有建议使用何种培养基来检查这类微生物�；蛐沓Ｓ糜诨芳旃娣兜膍Endo agar或是显色培养基或食品检验的VRBGA可以列为参考，一来这些培养基有标准方法可以依循，二来这些培养基也已经有质量管理规范，例如美国APHA公共卫生协会。
菌株的选择 3 (在控制菌用培养基效能方面)
控制菌的检查需要使用到许多选择性培养基，例如麦康凯培养基(MacConkey agar/broth)、RV沙门增菌液体培养基(RV broth)、溴化十六烷基三甲铵琼脂(cetrimide agar)等等。由于这些培养基可能同时具备有目标菌生长能力、非目标菌抑制能力，甚至具备有指示能力，所以其成份组成通常较为复杂，配制较为繁琐，在效能检查上也更为复杂。以甘露醇氯化钠琼脂培养基(Mannitol salt agar)为例，需要使用金黄色葡萄球菌来挑战其生长与指示能力，用大肠杆菌挑战该培养基的抑制能力。
生长能力的检查必需在药典规定的最低时间内完成培养(<18小时)；抑制能力则须接种>100 CFU的非目标菌株且不低于药典规范的最长时间培养(>72小时)。值得注意的是，2015年版中华人民共和国药典对于指示能力的培养时间与其他国际药典不同，国际药典，例如USP是规定指示能力的培养时间可以在药典的规定时间以内(18-72小时)，但2015年版中华人民共和国药典则是更严格要求低于18小时需观察得到(黄色菌落与黄色圈环)。对于液态增菌培养夜，例如TSB、MacConkey broth、RV broth对指示能力则没有明确要求。除了目前2015年版中华人民共和国药典所规范的七类控制菌检查以外，对于伯克氏菌(Burkholderia)以及其他不合宜微生物(objectionable)检查用的培养基，也应建立一套培养基效能检查以及方法合适性检查的方法。
