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生物安全柜与净化工作台在许多从业人员看来区别不大，其实它们无论是功能还是用处方面都有许多不同。
1、生物安全柜是一种在微生物学、生物医学、基因重组、动物实验、生物制品、生物安全实验室和其他实验室的生物安全防护隔离设备，广泛使用于科研、教学、临床检验和生产。生物安全柜的主要作用是在操作原代培养物、菌毒株以及诊断性标本等具有感染性的实验材料时,用来保护工作人员、实验室环境以及实验品,使其避免暴露于上述操作过程中可能产生的感染性气溶胶和溅出物而设计的。其目的是保护实验过程、操作人员及环境免受危害。
2、生物安全柜是一种负压的净化工作台，正确操作生物安全柜，能够保护工作人员、受试样品并防止交叉污染的发生；而净化工作台只是保护操作对象而不保护工作人员和实验室环境的净化工作台。因此，在微生物学和生物医学的科研、教学、临床检验和生产中，应该选择和使用生物安全柜，而不能够选择和使用净化工作台。
3、净化工作台是为了保护实验材料而设计的，通过风机将空气吸入初效过滤器，经由静压箱进入高效过滤器过滤，将过滤后的空气以垂直或水平气流的状态送出，使操作区域达到百级净化度，保证生产对环境净化度的要求。一旦微生物样品放置于工作区域,层流空气将把带有微生物介质的空气吹向前台工作人员而产生危险，所以超净工作台只保护样品，不保护操作人员，净化工作台的优点是操作方便，比较舒适，工作效率高，预备时间短，开机10分钟以上即可操作，基本上可随时使用。
4、从净化级别看，生物安全柜也比净化工作台高级。生物安全柜一般采用H14-U15的过滤效率更高的超高效过滤器。超净工作台大部分都是采用H13的高效过滤器。
