目前PCR实验室的建设应分三个区域，试剂准备区、核酸制备区和PCR扩增区，实验室分区的主要目的是避免纯化核酸和扩增产物逆向污染前一个区域，但多年的经验表明，无论是三区还是四区的设置，似乎都没有完全杜绝实验室污染的发生。
那么PCR实验室究竟应如何建设才能有利于污染的预防和有效清除？
其实污染就是PCR扩增管中掺入了原来样本不存在的扩增核酸，那么这个不受欢迎的核酸是怎么来到PCR扩增管里的？如果排除试剂盒、仪器和人员操作等环节，核酸气溶胶和洒落的样本与核酸的清除是实验室建设应该重点考虑的环节。
实验室的建设首先要有通风设置，通风是PCR实验室建设应该考虑的基本条件，如果采用封闭彩钢板建设的实验室，应进行压差设置，即自试剂准备室、核酸制备室到扩增室依次呈负压，但清洁新风应从室外引进，新风过滤网应定期更换，否则便成为污染的来源。其次是实验室墙面和地面具有防水功能，也就是墙面和地面可以水洗！每个房间设置地漏，方便实验室的清洁，当实验室污染发生时，即可使用“水洗实验室”的方法有效清除污染，清除过程使用的是0.2%有效氯溶液，它不但有效断裂核酸片段，而且还具有淬灭荧光基团，有利于PCR实验室荧光本底的去除。但过量使用反而会影响试剂扩增效率。消毒清洗后应该使用自来水或清洁水进行再次清洗，特别是设备表面。实验室空气中的污染清除，可以用有效氯溶液进行喷雾。 
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