对于转基因植物作为食品时的安全性问题，国际经济互助开发组织(OECD)制定了关于各国进行转基因技术利用指南。该指南认为，如果导入基因产生的蛋白质经确认是安全的，或者是转基因作物和原作物在成分、形态、生态上没有特殊的变化的话，就可以认为转基因作物在安全性上和原作物是同等的，即“实质等同性(SE)”原则。?
        再次，标志基因的扩散问题。一般说来，DNA的摄取量很低，很快在胃和肠内被消化。因此，转基因操作标识用的抗卡那霉素基因也不可能进入人体细胞。另外，抗卡那霉素基因向肠内细菌转移的概率也是极其低的，约10-17。再说，我们每天摄入体内的抗卡那霉素微生物约有1.2×106个。此外，人们还担心人类从前没有食用过转基因食物而引起蛋白质过敏反应。但用动物进行的急性、亚急性实验表明，即使摄取量相当于人日常摄取量的1500倍到50万倍也没有危害。