1.药种一定要与其他（树、菜、粮、草）种子分开存放，避免混杂 　　贮藏前要彻底清除其中的茎、叶、杂草、泥土等杂物，贮藏房间应进行常规消毒，严防药种受到污染。
　　2.控制好水分
　　含油类多的药种水分应控制在8%—9%，一般药种子应该控制在12%—13%。水分过高，极易霉变。
　　3.药种最佳温度应控制在10℃左右
　　温度过高，种子呼吸旺盛，将消耗自身贮藏营养，降低发芽率。
　　4.药种应用砖木垫高
　　要求离地50厘米以上，不可直接放在地面上，否则，易受潮而降低发芽率，贮藏应注意通风换气。
　　5.药种千万不可用塑料袋密封
　　因塑料袋不透气，种子被迫进行无氧呼吸，会产生酒精和有机酸等有害物质，失去发芽力。
　　6.药种不可与其它物品混放
　　存放药种时一定不能与农药、化肥一同存放，不可受到烟气熏蒸，还要注意防止鼠伤、虫咬等侵袭污染。