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发酵：一般情况下，鸡场产生的鸡粪可直接作为农作物肥料使用。但通过堆积发酵后，不仅可有效杀灭鸡粪中的各种病原，而且可大大增强肥力，特别是发病鸡群产生的鸡粪及污物应通过发酵处理。这是一个好的污物处理方法，具体方法是定期收集鸡粪、垫草等，堆积在空地上(也可堆积在一个坑里，但不能积水)，用湿泥密封进行发酵。气温较高的季节应堆积发酵2个月以上，冬季堆积发酵3个月以上，然后，用做农作物的肥料。
制沼气：一个鸡场可建造沼气池，将清洗鸡舍和用具的污水收集到沼气池中进行发酵产生沼气，沼气可为鸡场提供能源，如果沼气量不够，可将鸡粪直接排入沼气池发酵。通过沼发酵产生的沼液(渣)也是很好的肥料，也能有效杀灭病原。
深埋：深埋是无害化处理病死鸡和污染物最常用的方法。选择一个不污染水源、不影响周边环境的地方，也可在鸡场内的空地上，挖坑深埋病死鸡。坑要有一定深度，坑底铺上一层生石灰，鸡尸体上覆盖的泥土层厚度至少1．5米。泥土覆盖后的地表及周围环境应喷洒消毒。装运尸体、污染物要用能密闭的容器或用不漏水能密闭的运输车，防止在搬运过程中污染环境。
