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种蛋收集和装盘中常常会看到无壳蛋、薄壳蛋、沙皮蛋、皱皮蛋、双黄蛋、裂纹蛋、破蛋以及其他的异常畸形蛋，其中种蛋收集，运输、装盘等环节都会造成种蛋质量下降，孵化率受到不同程度影响。
一、日龄
种鸡在产蛋高峰过后，随着鸡群日龄的增加，种蛋的质量会逐渐下降，这是因为鸡的生理功能开始退化，肠道对钙的吸收能力下降，钙在体内的代谢能力降低，主要表现为：畸形蛋、破壳蛋增多，蛋壳的厚度、蛋色以及光泽度会降低。
二、环境条件
温湿度：在环境因素里，对种蛋质量影响很大的是温度和湿度。高温、高湿条件下，鸡的采食量明显下降，种蛋的质量也下降，蛋重会相应减小，一年之中夏季蛋壳的厚度没有春、秋季蛋壳厚。
光照：产蛋期鸡群最重要的是光照。光照随意改变很容易使得鸡群生理发生紊乱，产生大量的小蛋、白壳蛋、软壳蛋，造成质量下降。
三、饲料营养
1、含钙量过高或过低
产蛋鸡需要大量的钙形成蛋壳，日粮中缺钙会产薄壳蛋或软蛋。1只鸡每天采食50-70克饲料，鸡对饲料中钙的利用率仅60％，单靠饲料中的钙是不够的。所以在鸡配合饲料中如添加的贝壳粉不足，造成饲料中含钙量过低，对蛋壳形成会产生不良影响，出现薄壳蛋、软壳蛋。但是日粮中含钙量过高，会降低饲料适口性，影响食欲，进而影响产蛋率，严重者可使鸡出现痛风。
2、磷含量及钙磷比例不当
磷与蛋壳弹性有关，磷含量过低会降低蛋壳弹性；含量过高会影响钙的吸收；故而钙磷比例合理与否对蛋壳质量影响很大。
3、钙磷比例不当
钙多磷少或磷多钙少，对鸡的健康、生长和产蛋及蛋壳质量都会产生不良影响。
4、维生素D3
维生素D3是吸收钙质的辅助因子和促进因子，维生素D3缺乏会影响钙的吸收量进而影响蛋壳质量，缺乏维生素D3即使日粮中钙磷充足，也会使钙、磷吸收和代谢作用产生障碍，导致蛋小、畸形、壳薄和软壳，产蛋量和孵化率下降等。所以，获得维生素D3最经济有效的办法是让鸡多晒太阳，使皮肤和羽毛含有的7-脱氧胆固醇，经紫外线的照射后转化成维生素D3被鸡吸收利用。另外，为了保证鸡只有效获取维生素D3须在日粮中及时添加。
5、添加剂使用不当
合理使用添加剂，能提高产蛋率和蛋壳质量。但目前我国使用的各种饲料添加剂中所含成分大不相同，必须根据鸡群情况选择合适的添加剂，并掌握好合理用量。
6、饲料霉变
饲料因保管不善而发生霉变，喂鸡后致使鸡的肝脏、肾脏等被黄曲霉毒素侵害，从而破坏了维生素D3在鸡体内的代谢，导致鸡的体重减轻，饲料报酬降低，抗病力差，产蛋量减少，蛋壳变软。
四、应激
高温、鸡病、噪音、惊吓、密度等等都会造成应激，其中热应激对蛋壳的影响做大，热应激使鸡呼吸加快、饮水量增加、采食量减少，造成钙质的摄入量相应减少，加上呼吸加快排出较多CO2，饮水量猛增改变了血液pH值，特别是血液中的HCO3一浓度下降，影响到蛋壳腺功能，导致钙的吸收率下降而使蛋壳变薄、易碎。
五、疾病
非典型性ND与减蛋综合症：鸡群的产蛋率会下降10％～40％，褐壳蛋变白、破壳蛋、无壳蛋会增加，造成孵化率、受精率大大降低，甚至回复后也很难达到原来水平。
IB：产蛋期产蛋量急剧下降，粗壳蛋、畸形蛋增多，部分鸡蛋的蛋白变薄呈水样，蛋的品质明显下降。雏鸡一旦发此病会造成永久性的病变，以致性成熟时不能产蛋或产畸形蛋，产蛋率也会比本品种鸡产蛋低10％-20％。
六、饲养管理
管理混乱：职工责任心不强，经常性的断水、断料，光照时间不稳定，饲料配方经常变化，都有可能造成种蛋质量下降。体重超标：体重超标，沉积在蛋壳腺内的脂肪分泌功能受阻，很容易产薄壳蛋、软壳蛋，造成破损率提高，影响种蛋质量。
用药不当：产蛋期一些禁用药物使用后，使得鸡产蛋机理受到不同程度影响，造成种蛋质量下降，合格蛋下降。
