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清除蟹种培育池中遗留的扣蟹，选用生石灰、漂白粉较为安全。用生石灰清塘时，每亩用量为75公斤，一方面可以杀灭敌害生物，另一方面可以改良底质和水质，增加水体中钙离子的含量，有利于河蟹蜕壳生长。用漂白粉清塘时，先计算池水体积，每立方米水体用漂白粉20克，将漂白粉加水溶解后立即全池泼洒，用药后不久野杂鱼即开始中毒死亡，残留在池中的扣蟹纷纷向岸上爬，及时将爬上岸的扣蟹捉掉即可。通常清池后5天即可放养蟹苗。
有资料报道，可以用敌杀死清除蟹种培育池中遗留的扣蟹，方法是：在3月份每亩用0.15-0.25公斤敌杀死杀灭塘内敌害及残存的扣蟹，数天后每亩用150-200公斤生石灰带水清塘，再过10天开始投放经消毒的蟹种。
敌杀死为2.5%溴氰菊酯乳油。土壤对溴氰菊酯具有强吸附作用，该药在田间土壤中的半衰期小于23天。一般认为，溴氰菊酯不能在鱼塘、河流等处使用，以免对养殖对象产生毒害。溴氰菊酯遇碱性物质（如石灰水）容易分解并失效，上述用敌杀死清除蟹种培育池中遗留扣蟹的方法中，在使用敌杀死后又加用了大剂量的生石灰，有利于减少敌杀死在池塘中的残留。生产上应用敌杀死清塘前应事先试验，取得成功经验后再扩大应用面积。
