预防稻曲病发生，关键要在水稻破口前5-7天用药。此期使用生产上常用的井冈霉素就能对稻曲病起到良好的防治效果，一般每亩用5%井冈霉素水剂500毫升。近年来湖南、湖北、江西、江苏、四川等地植保部门试验应用铜高尚防治稻曲病，也取得了良好效果，对稻曲病的防效可达90%以上。用铜高尚防治稻曲病，最好在水稻破口前5-7天喷一次药，水稻齐穗后再喷一次药，每次每亩用铜高尚30毫升加水30公斤喷雾。

稻曲病病菌侵入稻谷后再喷施井冈霉素、铜高尚等药剂，对染病稻粒没有治疗效果，田间染病粒数量不会减少也不会增加。但有关应用实践表明，在田间稻曲病发生后喷施铜高尚，能减少产量损失，减轻病菌污染。

在生产上，田间稻曲病病粒一般较少，其本身对水稻产量的影响较小，但它们会对周围稻粒的灌浆造成不利影响，使这些稻粒千粒重下降，对水稻产量影响较大。另外，稻曲病病菌产生的毒素对人畜有很强的毒性，用混有病粒0.5%以上的稻谷加工成谷粉后饲喂家畜、家禽，就会引起中毒。在田间稻曲病显症后，喷施铜高尚能将病粒菌块中的病菌杀死，使菌块在天晴时干缩、脱落，减轻对周围健康谷粒的污染。在田间大部分稻曲病病粒刚露出淡黄绿色小菌块时（大致在水稻破口后20天左右）喷施铜高尚效果较好，一般每亩用铜高尚50毫升加水30-40公斤喷雾，田间发病重的地段可以适当多喷药液，这样能使田间的发病稻粒基本不散出孢子（因用药时间、田间发病情况和雨水条件等不同而有一定变化），健康稻粒受污染的程度大大减轻。