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防治烤烟苗期病虫害是培育无病虫壮苗的关键，应注意抓好以下几项措施。
1、实行防病虫侵染的覆盖或隔离育苗。育烟苗的种子一律采用包衣种子。有条件的烟区，实行对病虫害有隔离作用的大或小棚漂浮育苗。采用常规育苗的烟区，苗床地应用施美地每平方米50-100毫升作土壤消毒，播种后应搭拱架覆盖薄膜和纱网隔离防止病虫侵染。
2、认真进行浇水、施肥、间苗除草、剪叶等育苗管理工作。采用漂浮育苗的应调节好棚内温度，在竖叶至成苗期时要剪苗叶2-3次，用常规法育苗的要做好浇水、施肥、间苗除草等培育壮苗工作。
3、喷施预防�；ぜ�，提高烟苗抗病力。烟苗进入十字期以后应隔10天左右，喷1次1:1:180倍波尔多液保苗防病，在烟苗竖叶期，成苗期的掐叶前和拔苗移栽前各叶面喷施毒消600倍液1次预防发生病毒病。
4、设立病虫观测点，用测报指导防治。在烟苗出苗后应在苗床上设病虫调查点，经常调查病虫发生情况，发现地老虎、跳虫、蝼蛄、蟋蟀等危害烟苗时应喷施90%敌百虫600-700倍液或40%辛硫磷1000-1500倍液防治，发现蛞蝓危害时用油茶枯或皮哨子（1:40）浸泡液防治，也可用6%密达颗粒剂按每平方米1克搅拌干细纱撒布防治。发现烟蚜时用康福多4000倍液防治2-3次，每次间隔10天。发现猝倒病、黑胫病、根黑腐病时用58%甲霜灵锰锌500-700倍液防治。发现炭疽病时用50%退菌特600-700倍或代森锌600倍液防治，隔7天喷1次，连喷3次。发现野火病时用农用链霉素200单位防治，隔7天喷1次，连喷3次。
5、认真淘汰病苗，防止传病。在烟苗竖叶期至成苗期，若发现TMV、CMV、PVY或丛枝病，黑胫病等病株时应及时拔除销毁，以防传病。
