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1.农艺防治措施。选用抗病品种，注意品种搭配和轮换。选择无病田留种，处理病稻草消灭菌源，实行种子消毒。合理肥水管理，施足基肥，早施追肥，中期适当施氮控苗，后期看苗补肥。水分管理要根据“前浅、中晒、后湿润”的原则。
2.药剂浸种和浸秧。在播种前和插秧前处理水稻种子和秧苗。常用药剂：70%抗菌素“402”液剂、40%异稻瘟净乳剂、40%克瘟散、45%扑霉灵浸种。用20%三环唑可湿性粉浸秧5分钟，捞出堆闷30分钟再插。
3.苗瘟和叶瘟防治。防治穂颈瘟需要结合前期防治水稻苗瘟、叶瘟，以减轻前期病害和减少菌源：主要抓住发病初期用药；本田从分蘖期开始，如发现发病中心或叶片上有急性病斑，即应打药防治。常用药剂：20%或40%三环唑可湿性粉剂、40%稻瘟灵（富士1号）乳油、40%灭病威胶悬剂、20%三环异稻可湿性粉剂对水45-50公斤细雾均匀喷雾防治。
4.穗瘟防治。孕穗（破口）期和齐穗期是防治适期。常用药剂：20%三环唑可湿性粉剂、40%稻瘟灵可湿性粉剂、21.2%加收热必可湿性粉剂、2%加收米、20%三环异稻可湿性粉剂、40%克瘟散乳剂等对水45-50公斤在破口期和齐穗期各喷雾一次。宜用细雾均匀喷于稻株上部。一些新药剂对稻瘟病防效较好，如富米乐、苯醚菌酯类及其复配剂等，但价格价偏高。
