有科学家认为，咖啡较粗纤维性食物而言是一种更迅速而温和的导泻剂，它对至少1／3的人有效，女性更为明显。咖啡的有效成分并不是咖啡因，而是一种快速的“体液激素”或神经递质机制。实验发现，饮任意一种咖啡后仅4分钟，大肠的运动即开始加强，这种促使胃肠蠕动的作用在清晨最强，在夜晚时则变得很弱。
　　
　　也有不少常喝含咖啡因饮料的成年人受便秘困扰。学者们的解释是：由于过于频繁的刺激，胃肠道已经失去了对胃肠动力因子的敏感性。