消毒是净化养殖环境，预防控制疫病的常用措施，包括生产前的消毒、生产过程中的消毒和生产后的消毒。每个养殖户都知道消毒的重要性，都做过消毒工作，但对如何科学消毒，怎样保证消毒的效果又是一个模糊的概念。生产实践中，消毒做的不少，但效果了了，甚至从不关心消毒的效果，下面结合生产实践谈谈农民养殖户如何科学消毒。
一、消毒药物的选择
消毒药物的选择要有针对性，要根据消毒的目的、对象、疫病流行趋势，依据高效、广谱、经济、副作用小的原则选择药物。市场上消毒药物品种繁多，要选用有一定规模的、信誉较好的厂家的产品，关键要注意消毒药物的有效成份和含量、生产日期、使用方法。目前常用的有以下几类：氯类副作用小，温度越高、杀菌力越强，多作饮水消毒；季胺盐类，对革兰氏阳性菌有较强的杀灭作用，多作棚舍、设备的消毒；甲醛对细菌、病毒均有效，但作用缓慢，有腐蚀性，多作棚舍的消毒。
二、棚舍的消毒
动物全部出栏后，用消毒药按从内到外，从上到下全面喷雾消毒一次，然后把料桶、饮水设备等拆卸、移至舍外，再清除舍内、外粪便、垫料等污物，用高压水冲洗棚舍、墙壁、地面及舍外墙壁、道路，2－3天待室内干燥后，用2％－3％NaOH水溶液(水温在30℃以上，加强消毒效果)，喷洒舍内所有非金属物品和空间，以及舍外道路、墙壁、门窗，雾滴不易过大，可控制在100－150μm之间。对设备用具先用水冲洗，然后用消毒药浸泡，最后在阳光下曝晒后移入舍内，作简单安装备用。
空舍一定时间，动物入舍前2－3天，封闭门窗，用甲醛或甲醛与高锰酸钾作熏蒸消毒，24小时后开启门窗，通风24小时后使用，温湿度对甲醛熏蒸消毒效果影响较大，甲醛溶液要加入2－3倍量水于铁锅中加热，既提高了室内温度，又增加了湿度，加强消毒效果。在生产实践中，要掌握加入水的量和炉中煤的用量，尽可能达到在炉火熄灭时，水刚好蒸发完毕。用甲醛和高锰酸钾消毒时要注意安全，防止伤人。
三、生产过程中的消毒
经过消毒的栏舍对畜禽是安全的，但随时间的推移，动物的进入和人物、空气的流动，各种病原微生物仍有可能侵袭动物，所以必须进行生产过程中的消毒。首先要建立健全消毒制度，强化消毒意识。栏舍的人口设消毒池或采取其他消毒措施，饲养人员要固定，不能串门，外来无关人员、物品禁止入内。其次，要搞好定期消毒，舍外可用2％－3％NaOH每4天作一次消毒，舍内每周做一次带畜(禽)喷雾消毒，发生疫病时可增加次数或作饮水消毒，但长时间饮水消毒，可引起肠道菌群失调，引起腹泻。
四、正确带畜(禽)喷雾消毒
带畜(禽)喷雾消毒不但能杀灭动物体表和空气中的原微生物，而且能净化空气，夏季防暑降温，对控制疫病具有重要意义。要选用刺激性小的药物(如百毒杀、碘制剂)，消毒药物以雾滴的形式经呼吸道进人体内，刺激性强的药物极易引起呼吸道症状甚至死亡，时间应选择在傍晚，光线较暗时，喷雾时喷头向上，雾粒在80－120μm之间，过大下落太快起不到消毒作用，过小容易吸入肺部，引起呼吸困难甚至死亡。喷雾量按15ml／m3，两种消毒药交替使用，提高消毒效果，在发生呼吸道病或免疫前后三天不做消毒。
五、病死动物和粪污的处理
消毒的目的是杀灭病原微生物，而病死动物和粪污的处理不当可引起病原微生物扩散，成为新的传播媒介，因此，病死动物和粪污的科学处理是消毒的另一种形式，对病死动物必须焚烧、深埋，非重大疫病死亡的可利用的动物尸体须作高温处理后利用，不得买卖；对粪污要堆积发酵，以杀灭病原微生物。