亚系（Substrain）是由同一个近交系分离出来的具有各不相同特性的品系。亚系可由下列途径形成：(1)在同一研究室里，从近交品系中分离出来，从兄妹交配繁殖达8～19代之后分开饲养，分开后不与其它品系混交，再继续兄妹或亲子近交12代以上者。如此可获得具有一定特殊性状的品系。(2)一个近交品系从一个研究机构或研究者转送到另一个机构或研究者哪里，经相当代数饲养，并与其它品系混交者。(3)当发现有某些基因变异时，可培育成具有某些特殊性状的亚系动物。