小鼠对环境的适应性的自体调节能力和疾病抗御能力较其他实验动物差，而小鼠的品种和品系繁多，各个品种和品系都有自己的特殊要求，因此必须根据实际情况给予一个清洁舒适的生活环境。不同等级的小鼠应生活在相应的设施中。
小鼠临界温度为低温10℃，高温37℃，温度中性范围30～33℃。饲养环境控制应达到如下要求：温度18～29℃；相对湿度40～70％；最好控制在18～22℃,湿度50～60％。一般小鼠饲养盒内温度比环境高1～2℃，湿度高5～10％。
要保持温度、湿度相对稳定，日温差不超过3℃,否则会直接影响小鼠的生长发育、生产繁殖、甚至导致小鼠发生疾病，从而影响实验结果。温湿度的相对稳定对于建筑条件较差的地方可用空气调节器、加湿器、在北方用暖气进行调节。为了保持室内空气新鲜，氨浓度不超过20ppm，换气次数应达到10～20次／小时。
现在我国普遍采用无毒塑料鼠盒，不锈钢丝笼盖，金属笼架。笼架一般可移动，并可经受多种方法消毒灭菌。用清洁层流架小环境控制饲养二、三级小鼠不失为一种较好的方法。笼盒既要保证小鼠有活动的空间，又要阻止其啃咬磨牙咬破鼠盒逃逸，便于清洗消毒。带滤帽的笼具可减少微生物生物污染，但笼内氨气和其它有害气体浓度较高。有时影响实验结果的准确性。饮水器可使用玻璃瓶、塑料瓶，瓶塞上装有金属或玻璃饮水管，容量一般为250ml或500ml。
垫料是小鼠生活环境中直接接触的铺垫物，起吸湿（尿）、保暖、做窝的作用。因此垫料应有强吸湿性、无毒、无刺激气味、无粉尘、不可食，并使动物感到舒适。垫料必需经消毒灭菌处理，除去潜在的病原体和有害物质。一般垫料以阔叶林木的刨花或锯末为宜，也可用玉米芯加工粉碎除尘后使用。
在实验中切忌用针叶木（松、桧、杉）刨花做垫料，这类刨花发出具有芳香味的挥发性物质，可对肝细胞产生损害，使药理和毒理方面的实验受到极大干扰。
国外有专门的垫料生产企业，进行垫料的生产，而我国的垫料产业尚需开发。目前我国实验动物部门大部分采用木材加工副产品如锯末、刨花等，其来源、树木种类很难控制，给实验动物质量控制带来很多不利影响。