萤光显微镜是以水银灯或氙气灯为光源，搭配具激发滤片(Excitation Filter)，发散滤片(Emition Filter)滤片组的光学仪器。目前使用的萤光显微镜，是属于落射萤光显微镜(Epi-Fluorescence Microscopes )，是指激发光的来源和观察的位置(接目镜)，皆位于样品的上方。在生物研究领域，萤光显微镜变成一个越来越重要的研究工具，常常会与共聚焦显微镜或全内反射萤光显微镜合并使用。