研究真菌、微细藻类、细菌、病毒等微生物的遗传及其应用的一个遗传学的分支学科。这门学科源自G．W．Beadle和E．L．Tatum（1941）系统分析链孢霉生化突变型的研究工作，由于采用这种遗传生化手段对细菌进行研究获得成功，并由于它和由此发展起来的噬菌体和细菌遗传学研究相互促进，使微生物遗传学迅速发展起来。许多微生物遗传学方面的成果都受到高度评价，被认为是推动近代遗传学发展的重要因素。这些成果包括Beadle和Tatum的“一个基因一个酶”的学说，S．E．Luria和M．Delbruck（1943）的细菌自发突变实验，O．T．Avery等（1944）的转化实验，J．Lederberg和Tatum（1946）在大肠杆菌中发现接合现象，Delbruck和W．T．Bailey（1946）及A．D．Hershey（1946）发现噬菌体的遗传重组，N．D．Zinder和Lederberg（1952）发现转导等。微生物是遗传学研究的适宜材料具有以下特点：（1）结构简单；（2）世代时间短；（3）便于处理许多个体；（4）可以采用高效率的挑选生化突变型的方法；（5）容易进行生物化学分析。