无脊椎动物种类繁多，其间形态结构的差异远远超过脊椎动物。以无脊椎动物为研究对象的胚胎学分支学科称为无脊椎动物胚胎学。
不仅腔肠、环节、节肢、软体、棘皮等主要门类的代表性动物的胚胎发育得到研究，在同一门动物中，各个纲的代表，甚至各个目的代表，都曾是研究的对象。当然有的细致深入，有的比较肤浅，尤其是那些种类比较稀少，材料难得的类群。
无脊椎动物胚胎学研究的内容包括卵子的成熟、受精、卵裂、早期发育、幼虫类型以至某些种类的变态过程。20世纪以来，无脊椎动物胚胎发育的知识，在人类日常生活中逐渐占有重要位置。一些有经济价值的无脊椎动物、例如虾、蟹、竹蛏、牡蛎等的人工养殖需要了解其胚胎发育，甚至了解其幼虫期的饵料，才能顺利进行；对于一些有害的，例如船蛆或藤壶等附着生物，也需了解其生活史，才能有效地防治。