内部生有孢子的囊状生殖器官。亦称芽孢囊。内部的孢子称孢囊孢子。不同种的植物，其形状多种多样，一般当成熟时即裂开而散出孢子，也有的是由于囊的破裂或溶化而散出孢子。在同种植物中形成的孢子囊生成同样的孢子时称为同形孢子囊，如产生大小两种孢子时则称为异形孢子囊，后者分别为大孢子囊和小孢子囊，如水生蕨类和水韭。藓类的孢子囊特称为孢蒴。在种子植物中，胚珠相当于大孢子囊，花药相当于小孢子囊。苔类的也有一种孢子囊。另外，有的藻菌类可产生极少数的、有时只含一个孢子的小型孢子囊（sporangiole）。蕨类植物的孢子囊有两种，一是不和维管束直接通连的（一般蕨类）；另一是和维管束通连的，认为是顶枝的起源的，如扁叶石松（Lycopodium complanatum）、松叶兰（Psilolum nudum）和阴地蕨（Botrychium ternatum）等。后一类和泥盆纪的蕨类化石古生松叶兰类相当；前一类则和种子植物的花粉囊相当，因为它们有具异形孢子的小孢子囊。