阐明异种生物之间或异种器官之间的生理机能的相似和不同，并考虑研究它们的系统关系的生理学的一个分支。长期停留在作为人体生理学研究的辅助手段的各种动物的生理过程的研究最初以比较生理学的形式成为具有独立性格的一门科学。当时，它和比较发生学一样大约是在19世纪初叶由缪勒（J．Müller）及其老师鲁道费（K. A．Rudolphi）所创建。19世纪的研究成果，在进入20世纪后，由瓦因特斯泰因（E·winterstein，1910--25）和贝塞（A．Bethe 1925-32）集其大成。