亦称鞭毛类。主要是对有核、有叶绿体的单细胞藻类以鞭毛为特征所组成的植物界的一门。如果从体制的简单和复杂的分类学观点来进行分类，系归属于原生动物门，因此，只把其中具有叶绿体的一群作为藻类抽出来，划分为鞭毛藻类。这样不免带有人为划分的因素。虽说其分类地位人们的意见不同，但以前把这一门植物则多划分为以下三部分：（1）鞭毛类：虽巳分化出外周包被，但体形易变，有收缩胞及1条至多条鞭毛〔如锥体虫属（Trypanosoma）、单鞭金藻属（Chromulina）、裸藻属（Euglena）等〕；（2）甲藻类（Dinoflagellata）：具有由2片至多片纤维素片组成的细胞壁，体上具有可生出2条鞭毛的特殊横沟和纵沟〔如裸甲藻属（Gymnodini-um）、多甲藻属（Peridinium）等〕；（3）黄藻类（Xanthophyceae）：细胞壁含果胶质，运动细胞的顶端生有两条不等长的鞭毛〔如气球藻属（Botrydi-um）、黄丝藻属（Tribonema）等〕。自1931年A．Pascher提出建议后，人们已同意把重点放在细胞水平上的多种不同性状来进行分类，即叶绿素、光合成产物、细胞壁组成和鞭毛结构等。以往对鞭毛藻类的划分，把它们分成纲以下的分类单位：具有多细胞个体的类群；在有多细胞的各门中而停留在单细胞阶段的类群以及沿其它途径进化的类群。但是，为了便于从外形上描述，今天仍沿用“鞭毛藻”这个词，就像仍然沿用藻类、菌类等术语一样。