又称为主核（德Hauptkern）。原生动物的真纤毛虫类是异形多核的，大的一个为大核，小的为小核。在功能上大核是营养核，其中含有的染色质为营养染色质；小核是生殖核，其中的染色质为生殖染色质。蛙片虫（Opalina）等原纤毛虫类的核在外观上是同形多核的，但在核分裂时，每一个核中出现大染色体和小染色体，并各具有独立的变化形式。因此，在这类生物中一般也认为大核和小核合起来构成一个核。在草履虫类中，通常在分裂时，大核与小核一样先都进行无丝分裂各成为二个，然后各自进入一个子细胞，但是当大核在结合或者自合时，原来的大核首先解体消失，并与以后发生的过程不发生关系。当结合或自合过程完成之后，从小核的一部分中可新生出大核。大核的形态是多种多样的，有蚕豆形（草履虫）、球形[肾形（纤）虫属（Col-poda）] 、马蹄形（钟形虫）、念珠形（喇叭虫）、椭圆形[豆形（纤）虫（Colpidium ）] 、半环形[小瓜虫属（Ic hthyophthirius）] 等等。大核通常只有一个（但有例外，例如腹柱（纤）虫属（Ga－strostyla steini）中大小核各有二个），喇叭虫的念珠形大核是由原来六个大核的原基合在一起构成的。