cDNA芯片与Oligo芯片、DNA芯片一样归属于基因芯片，它是指对各种生物随机克隆和随机测序所得的cDNA片段进行归类，并把每一类cDNA片段的代表克隆（代表一个独立基因 ）经过体外扩增，得到大小和序列不同的片段分别经过纯化后，利用机械手高速将它们高密度有序地点样固定在玻片硅晶片或尼龙膜上，从而制备成cDNA微阵列，以此对各基因的表达情况进行同步分析。
cDNA芯片可以检测待测样品中是否有与之互补的序列。将待测样品中的mRNA被提取后，通过反转录反应过程获得标记荧光的cDNA，与包含上千个基因的cDNA微阵列进行杂交反应16小时后，将玻片上未互补结合反应的片段洗去，再对玻片进行激光共聚焦扫描，测定微阵列上各点的荧光强度，推算出待测样品中各种基因的表达水平。
与传统的检测RNA表达水平的技术相比较，cDNA芯片具备高通量的优势，它越来越被研究人员应用于基因表达检测，通过定量监测大量基因表达水平在阐述基因功能、探索疾病原因及机理、发现可能的诊断及治疗靶等方面。
