将物体上的所有微生物包括细菌芽孢全部杀死或除去的措施。灭菌的方法有加压灭菌、紫外线照射灭菌、过滤除菌和化学药剂灭菌。加压灭菌是在密封的高压蒸气锅中进行的。当锅里的蒸气压力上升到1.05公斤/平方厘米时，蒸汽温度可达121℃。在此高温下，连续20分钟，可将微生物，包括细菌芽孢全部杀死。紫外线照射可引起微生物细胞DNA同一链上相邻的两个胸腺嘧啶形成二聚体，导致微生物的变异或死亡。过滤除菌是用细菌漏斗除去液体物质中的真菌、细菌等微生物的方法。有些物质如酶、维生素、糖类、蛋白质、有些毒素等由于不耐热，用加热等方法处理极易变质，可用此法除去微生物。化学药剂灭菌是用一些化学物质杀死微生物。常用的化学药剂有环氧乙烷等。环氧乙烷是一种化剂，能使酶等烷化而杀死微生物。
　　应用灭菌技术可对接种室、玻璃器皿、发酵罐、培养皿等进行灭菌，而这是进行微生物学研究和微生物工业生产所不可缺少的。灭菌技术也可用于医学上手术器械等的灭菌。19世纪，法国厨师阿贝首先发现密封的果汁经煮沸后可长期保存，后采用加压灭菌方法生产罐头食品，使罐头食品的生产有了可靠的卫生保证。化学灭菌剂环氧乙烷等还用于宇宙飞船等的灭菌。