免疫系统对抗原的辨认。是机体的免疫系统发挥免疫功能的极重要前提。在胚胎时期，机体的自身抗原与免疫细胞表面受体接触后，可使其失活而处于受抑制的状态；只有那些与自身抗原无受体关系的克隆，才能发展成对非己物质的识别。当某种与自体物质有微小差异的抗原异物进入机体时，免疫系统即可准确无误地对其识别，并发生免疫应答。另外，免疫效应系统，如免疫活性细胞或抗体，对遇到的抗原是否发生免疫应答，也取决于其识别能力。现代免疫学的双识别学说认为，当抗原作用于免疫细胞时，要有两个识别信号出现，免疫应答才会发生。