保税货物进境时，货主或其代理人在入境地报关，向海关交验进口货物报关单一式三份，报关单右上角加盖“保税货物”戳记，同时注明此批货物系存入某保税仓库�；跷锏脑说�、发票、装箱单等。异地口岸报关时，应另交验主管海关核发的《保税仓库证书》或制作的关封。经海关验放后，将报关单二份退报关人随货带交保税仓库，仓库经理人应于货物入库后即在报关单上签收，并将一份退交备案登记的海关，另一份留存。
要从备料保税仓库中提取货料，货主应事先持批准文件、合同等有关单证向海关办理备案登记手续，并填写来料、进料加工专用报关单和保税仓库领料核准单一式三份，一份由批准海关备存，一份由领料人留存，一份由海关签盖放行章后交货主。仓库经理人凭海关签印的领料核准单交付有关货物并凭以向海关办理核销手续。
保税仓库进口库内作业使用的物品，如货架、办公用品、管理用具、运输车辆、搬动或起重、包装设备以及改装用的机器等，不论是价购的或者是外商无偿提供的，都要照章缴纳关税和产品(增值)税。
保税仓库所存保税货物经海关核准转为进入国内市场销售时，由货主或其代理人向海关递交进口货物许可证、进口货物报关单以及海关需要的其他单证并按章交纳关税和产品(增值)税或工商统一税后，由海关签章放行，将原进口货物报关单注销。
保税货物复运时，货主或其代理人应填写出口货物报关单，一式三份并交验进口时由海关签章的报关单，向当地海关办理复运出口手续，海关核查后在报关单上签章，一份留存，一份发还，一份随货带交出境地海关凭以放行货物出境。
保税仓库所存货物储存期为一年，如有特殊情况，可以向海关申请延长，但延期最长不得超过一年。
保税工厂进口料、件和出口成品时，由经营人或其代理人填写专用进出口货物报关单一式四份，并在右上角加盖保税工厂货物戳记，随附有关单证和业料(进料)加工手册，向进出境地海关申报。经海关审核后，将其中一份寄送主管海关，另一份由海关签章后，退回申报人交保税工厂留存备查。保税工厂在失去海关严密监管条件或发生违反海关规定的行为时，海关将吊销其保税工厂证书，并对其违规行为按海关法进行处理。
保税货物在存放期间如发生残损、变质或原物自然消失，已不能复出口或出售时，经营单位应及时向主管海关报告，井填制保税货物残损清单，经海关核实并派员现场监管销毁后，保税仓库凭有关海关单证入帐冲销，如因残不能复出口转在国内销售时，经营单位须向主管海关申请批准，经海关查验核准后可适当减征税款。
保税货物在保税仓库有效期发生短少，除由于不可抗力的原因者外，其短少部分应当由保税仓库经理人承担交纳税款的责任，并由海关按有关规定进行处理。