一、自理报关
自理报关企业进行网上录入、申报、查询、打印报关单，以及网上查询海关回执等操作。
业务流程：
1、自理报关单位录入业务流程：
(1)、自理报关单位持“报关单录入”权操作员卡的操作员进入中国电子口岸“报关单录入”界面，可先下载本企业征免税证明、加工贸易手册或加工区备案清单后，脱机录入报关单数据(数据暂存在本地数据库)；
(2)、录入并提交后将录入的报关单数据信息上载到数据中心，进入自理报关审核申报业务流程；
2、自理报关审核申报业务流程：
自理报关单位持“报关单审核申报”权操作员卡的操作员进入中国电子口岸的“报关单审核申报”界面，对报关单的逻辑性、填报的规范性进行审核，确保报关单可以向海关进行申报。若审核不通过，则需要将报关单下载本地进行修改，修改后的报关单需重新上载到数据中心，并且需要重新进行审核。审核通过后进入自理报关申报确认业务流程；
3、自理报关申报确认业务流程：
(1)、自理报关单位持“报关单申报确认”权操作员卡的企业管理人员进入中国电子口岸“报关单申报确认”界面，对报关单进行确认申报操作，经“申报确认”后的报关单通过公共数据中心传海关内部网。
如果申报确认时认为报关单的填制不符合逻辑，需要将报关单数据下载到本地进行修改，修改完毕之后需要将数据重新上载到数据中心，并且重新进行审核和申报确认。
(2)、自理报关单位打印出经海关审核通过的报关单，并携带其他单证去海关办理其他通关手续。
二、委托报关
受理委托报关的单位有：
1、专门从事报关服务的企业，即专业报关企业；
2、对外贸易仓储、国际运输工具、国际运输工具服务及代理等业务，兼营报关服务业务的企业，即代理报关企业。
受理委托报关的单位代理办理的报关手续，包括：报关单录入时的备案数据下载协议、报关单审核委托书、报关单申报委托书或报关单审核申报和申报确认委托书。并向海关出具委托单位的报关委托书。
报关单录入\申报子系统提供进出口单位通过网上填写申报委托书或者备案数据下载协议，委托有权代理报关业务的单位代其办理某项报关业务，如：报关单录入、报关单审核、报关单申报或报关单审核和申报。有权进行代理报关业务的单位可在网上 接受并确认委托单位的报关委托申请，并在备案数据下载协议和报关委托书的授权范围内代理委托单位网上办理相应的报关业务。
委托报关网上业务流程(在进行此项操作前必须先按照网上报关委托业务的流程建立委托关系)：
1、 代理报关单录入业务流程：
(1)、代理报关单位持“报关单录入权”操作员卡的操作员进入中国电子口岸“报关单录入”界面，在备案数据下载协议的授权范围内下载本委托单位的征免税证明、加工贸易手册或加工区备案清单后，脱机录入报关单数据(数 据暂存在本地数据库)；
(2)、录入并提交后将录入的报关单数据信息上载到数据中心；
2、代理报关审核申报业务流程： 代理报关单位持“报关单审核申报”权操作员卡的操作员进入中国电子口岸的“报关单审核申报”界面，对报关单的逻辑性、填报的规范性进行审核，确保报关单可以向海关进行申报。则需要将报关单下载本地进行修改，修改后的报关单需重新上载到数据中心，并且需要重新进行审核。审核通过后进入自理报关申报确认业务流程；
3、代理报关申报确认业务流程：
(1)、代理报关单位持具“报关单申报确认”权操作员卡的企业管理人员进入中国电子口岸“报关单申报确认”界面，对报关单进行确认申报操作，经“申报确认”后的报关单通过公共数据中心传海关内部网。如果申报确认时认为报关单的填制不符合逻辑，需要将报关单数据下载到本地进行修改，修改完毕之后需要将数据重新上载到数据中心，并且重新进行审核和申报确认。
(2)、代理报关单位打印出经海关审核通过的报关单，并携带其他单证去海关办理其他通关手续。
三、转关运输提前录入、申报业务
报关单录入、申报子系统提供自理报关企业、专业报关企业、代理报关企业网上办理所需的转关运输提前录入、 申报业务，但代理报关企业、专业报关企业应用该系统进行转关运输报关单、转关运输申报单的提前录入、申报时，必须事先通过本系统与委托方签定委托报关协议。
网上转关运输录入、申报业务流程：
1、自理报关企业转关运输录入、申报网上业务流程：与网上自理报关业务流程类同；
2、代理报关企业转关运输录入、申报网上业务流程：与委托报关业务网上流程类同；
四、报关单清单录入申报业务
报关单清单录入\申报子系统提供给IT企业或其他需要报关单清单业务的企业，其主要功能包括：报关单清单录入、申报；报关单清单的综合查询；海关回执的查询等。
网上报关单清单业务流程：
1、报关单清单单位的录入员进入中国电子口岸“报关清单”页面，下载备案数据后，脱机录入报关单清单，录入完毕，将所录的报关单清单数据信息上载到数据中心；
2、报关单清单单位的操作员持有操作员卡进入中国电子口岸“报关清单”页面，查询所上载报关单清单的回执信息。如该报关单清单回执状态为已通过，则下载已通过的报关单清单，以进行报关单的操作。