固定于滤膜上的RNA的预杂交、杂胶及淋洗等条件，与DNA杂交的相应条件基本相同。现简述如下1）用下列两种溶液之一进行预杂交，时间1－2小时。若于42℃进行，应采用。
50％甲酰胺
5xSSPE
2xDenhardt试剂
0.1％SDS
若于68℃进行，应采用：
6xSSC
2xDenhardt试剂
0.1％SDS
2）在预杂交液中加入变性的放射性标记探针，如欲检测低丰度mRNA， 所用探针的量至少为0.1μg，其放射性比活度应大于2x108计数/（分．μg）在适宜的温度条件下继续温育16-24小时。切记RNA只与双链DNA中一条单链互补，因此如用单链探针， 则必须是能与RNA互补的一条单链。
3）用1xSSC、0.1％SDS于室温洗漠20分钟， 随后用0.2xSSX、 0.1％SDS于68℃洗膜3次每次20分钟。
4）用X光片（Kodak XAR－2或与之相当的产品）进行放射自显影， 附加增感屏于－17℃曝光24-48小时。