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蛋白测序 的主要策略是采用化学或者酶消化方法将多肽链拆分，然后测定氨基酸残基含量和组成。本文详述了蛋白质测序的概念，蛋白测序的步骤以及蛋白N-端测序服务等。
一、概念
当前，所谓蛋白质测序 ，主要指的是蛋白质的一级结构的测定。蛋白质的一级结构（Primary structure）包括组成蛋白质的多肽链数目。很多场合多肽和蛋白质可以等同使用。多肽链的氨基酸顺序，它是蛋白质生物功能的基础。
蛋白质氨基酸顺序的测定是蛋白质化学研究的基础。自从1953年F.Sanger测定了胰岛素的一级结构以来，现在已经知道约十万个不同蛋白质的一级结构。
二、测定步骤
1.多肽链的拆分。由多条多肽链组成的蛋白质分子，必须强行拆分。几条多肽链借助非共价键连接在一起，称为寡聚蛋白质，如：血红蛋白为四聚体，烯醇化酶为二聚体；可用8mol/L尿素或6mol/L盐酸胍处理，即可分开多肽链（亚基）。
2.测定蛋白质分子 中多肽链的数目。通过测定末端氨基酸残基的摩尔数与蛋白质分子量之间的关系，即可确定多肽链的数目。
3.二硫键的断裂。几条多肽链通过二硫键交联在一起，可在8mol/L尿素或6mol/L盐酸胍存在下，用过量的beta-巯基乙醇处理，使二硫键还原为巯基，然后用烷基化试剂保护生成的巯基，以防止它重新被氧化。
4.测定每条多肽链的氨基酸组成，并计算出氨基酸成分的分子比。
5.分析多肽链的N-末端和C-末端。
多肽链端基氨基酸分为两类：N-端氨基酸（amino-terminal）和C-端氨基酸（Carboxyl-terminal） 。在肽链氨基酸顺序分析中，最重要的是N-端氨基酸分析法。N末端分析法（Sanger法；Edman法；DNS-Cl；酶降解法），C末端分析法（肼解法;酶降解法;硼氢化锂法）。
6.多肽链断裂成多个肽段�？刹捎昧街只蚨嘀植煌亩狭逊椒ń嚯难范狭殉闪教谆蚨嗵纂亩位螂乃槠�，并将其分离开来。
7.测定每个肽段的氨基酸顺序。
8.确定肽段在多肽链中的次序。
利用两套或多套肽段的氨基酸顺序彼此间的交错重叠，拼凑出整条多肽链的氨基酸顺序。
9.确定原多肽链中二硫键的位置。
一般采用胃蛋白酶处理没有断开二硫键的多肽链，再利用双向电泳技术分离出各个肽段，用过甲酸处理后，将可能含有二硫键的肽段进行组成及顺序分析，然后同其它方法分析的肽段进行比较，确定二硫键的位置。
三、蛋白质N-端测序服务
几乎所有的蛋白合成都起始于N-端，蛋白质N-端的序列组成对于蛋白质整体的生物学功能有着巨大的影响力。例如N-端序列影响蛋白质的半衰期，同时关联着蛋白亚细胞器定位等，这些与蛋白的功能和稳定息息相关，对蛋白进行N-端测序分析，有利于帮助分析蛋白质的结构，揭示蛋白质的生物学功能。
目前对蛋白N端测序主要分类两大类，其一为非质谱技术，例如经典的Edman降解法、利用反转录RT-PCR得到对应蛋白的cDNA，再来反推得到蛋白序列;其二为质谱技术。各自都有其使用的长处和制约之处，目前，市面上采用的，依然是基于经典的Edman降解法原理，利用美国ABI公司Procise491蛋白序列测序系统进行蛋白N-端测序。
蛋白质N-端测序服务说明
基于Edman降解法原理进行蛋白质N-端测序，从理论上不可避免的受到两种条件制约，会很大程度上影响蛋白测序质量：
1.样品纯度不能太低，经验认为纯度大于90%的蛋白才适用于测序反应。
2.N端封闭或糖基化的蛋白质难以进行Edman反应，无法测序。
蛋白质合成是从N末端开始的，因此分析蛋白质合成是从N末端序列对蛋白序列分析很重要，蛋白质N端序列主要是通过Edman降解法和质朴技术实现的。
