动物早期胚胎发育的一个重要阶段。囊胚细胞通过细胞迁移、分化，形成具有2～3个原始胚层及原始消化道（原肠）的原肠胚。原肠形成的过程复杂，除了继续增加细胞数量外，更重要的是细胞进行各种各样移动（和细胞内的微丝、微管有密切关系），使囊胚表面的细胞向囊胚腔内侵入，经过细胞重新安排，形成多层结构的胚胎。留在外面的细胞为外胚层，进入内部的细胞形成内胚层，两个胚层之间的细胞构成中胚层（见“胚层”条）。这种细胞迁移运动是胚胎发生过程中最重要的形态形成运动。细胞移动进入胚内的方式及位置在不同类动物存在着差异。盘状囊胚的原肠形成仅在胚盘内进行。哺乳类胚胎的原肠形成和鸡胚近似。实验胚胎学家采用活体染色法（中性红、尼耳蓝、詹纳斯绿或俾士麦棕等）对囊胚或早期原肠胚的不同部分着色，这些染料对胚胎没有毒性，而且染色可以保存数天，这既可追踪囊胚细胞在原肠形成过程中细胞移动的方式，又能追踪细胞的去向，由此绘制出囊胚表面未来器官分布的图谱。近年来，用同位素标记更为准确。这些结果有助于了解原肠形成过程中复杂形态的形成运动，以及胚层、组织器官的来源。在原肠形成过程中，细胞分裂速度逐渐减慢，开始合成新的各种类型的RNA和专一性的蛋白质。