流水主要指陆地上的江河与溪流等。河流的上游多湍流于山区，比降大，流速急，曝气充分，水中溶氧量高，河床多以石砾垫底，水流清澈。在这样的水域环境里，第一性生产者以固着性藻类为主，如刚毛藻、丝藻和大量硅藻。消费者以水生蚊虫、蜻蜓、蜉蝣和小型鱼类为主，有些动物具有吸盘附着于水流急速的岩石表面上。生物生产力约1—3克/米2·天。上游一般受污染少，有机物含量不高，河水清洁，多系贫养型水体。
中游河段水量大，比降小，水流平缓，水温较高而含氧量低，河床宽展多为泥质或沙质底。第一性生产者除多为浮游性的绿藻、蓝藻和某些硅藻外，在河汊与岸滩平广的浅水处常有高等植物成片分布，还通过级级支流与渠道输入较多的有机碎屑，所有这些都使下游河段中有机质含量多，食物丰富。消费者中有浮游动物甲壳类和底栖穴居的水蚯蚓、蚊类幼虫等，有的地方还有螺、蚌等软体动物。自游生物以鲤、鲶、鲫等为常见。食物链（网）比上游复杂。生物生产力约为3—5克/米2·天。
下游地区一般人口密集、工农业比较发达，排入河流中的污水量大，水中含N、P等元素丰富，出现富养化现象。被有毒物质严重污染的河流，不仅可以改变水生生物的种群结构、有机体的生理、形态和繁殖，还通过破坏鱼、虾、蟹的产卵场和切断其洄游路线，使水产资源减少，甚至影响人类健康。