指在生物体上有一些已经失去功能但仍然残存着的器官。如生活在海中的鲸的后肢已经完全退化，但在体内还有腰带骨、股骨和胫骨等后肢骨的遗迹。海牛的前肢变为桨状，指端还保留有退化的蹄的痕迹，后肢退化，但仍保留着残存的后肢骨。这些痕迹器官足以证明鲸和海牛起源于陆生脊椎动物。人类也有许多退化的痕迹器官，如盲肠。人的盲肠连同其末端的蚓突都极度退化，已经失去了消化功能。与此对比，家兔的盲肠连同蚓突长达半米，相当于一个大的发酵口袋，兔吃进去的草料中的纤维素就是依靠盲肠内的微生物进行发酵分解。在人体，类似盲肠这样的痕迹器官还有很多，如腹直肌、动耳肌、尾椎骨、瞬膜、体毛等。植物也有痕迹器官，如禾本科的小麦、水稻等有退化的花被等。痕迹器官不仅提供了生物进化的证据，也有助于确定生物进化所经历的途径。