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在食品生产加工企业中，影响食品安全质量的因素并不少，重要的是找到微生物污染入侵的来源。如生产丁艺中的原料、水源、罐装设备、管道（造成二次污染）空间环境等，在这些微生物容易滋生的发源地，如何有效的遏制食品污染，关键要从它的污染源和途径入手。
一般工厂的清洁流程为：
食品工厂选择正确的清洗和消毒流方法为重要。
一般工厂的清洁流程为：
第一步，去除大块污垢。
尤其是在肉类或者休闲食品企业，生产结束后，在设备的表面往往存在肉眼可见的大块污垢，需要使用刷子或者铲子先进行大块污垢去除操作，这可以为后面的清洗工作减轻消耗与压力。
然而，在工厂实际清洁作业中，这一步经常被忽略，员工往往直接采用高压水枪冲洗，或者直接使用碱性的清洗剂清洗。这需要我们对员工进行正确指引。
第二步是预冲洗，冲洗掉剩余残渣。
冲洗时，需要根据污垢的类型，选择合适的冲洗温度。如果是脂肪类，需要使用热水进行冲洗，热水的温度不需要太高，只需控制在51℃左右即可。如果是蛋白质含量较高的表面，则不需要使用太高的温度来冲洗，以免引起蛋白质变性，造成顽固污渍。
第三步是使用清洁剂来清除污垢。
根据污垢的类型、污垢的轻重程度、被清洗表面的材质、配套的设备来选择清洁剂，一般采用的清洁剂是泡沫清洗剂，喷洒泡沫要注意覆盖的广度、反应的时间。
建议定期采用酸性泡沫清洗剂去除无机污垢、每天采用碱性清洁剂进行清洗。
第四步是冲水。
用水将泡沫清洁剂带出的污垢和化学品一起冲洗干净。冲水采用常温水进行冲洗即可。如果温度过高，在一些没有进行卫生设计的车间现场容易形成冷凝水，进而造成二次污染。
第五步是喷消毒剂。
在前面的五步已经达到了95%的卫生水平，剩下的5%就是对表面微生物进行杀灭。这里需要注意，在清洗干净的表面，消毒剂才能发挥较好的微生物杀灭作用，而在一个未被清洗干净的表面上使用消毒剂，是达不到相应的杀菌效果的。
第六步是冲水。
表面消毒剂冲洗干净至PH值中性。
