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各种环境样品检验方法和卫生标准的制定，是卫生微生物学重要的研究内容之一。通过这些方法和标准，可以检测并判断水、空气、土壤、食品、日常用品，以及各类公共场所的卫生状况。了解这些环境条件和物品卫生状况的目的，一方面是为预防致病性微生物通过这些媒介感染人群，引起疾病的暴发流行；另一方面为了避免不符合质量或卫生标准的食品、药品、化妆品等流入市场，给广大消费者造成损失或带来危害。但从样品中直接检测目的病原微生物有一定难度，原因是在环境中病原微生物数量少。种类多、生物学性状多种多样，检验和鉴定方法比较复杂。有鉴于此，需要寻找某些带有指示性的微生物，这些微生物应该在环境中存在数量较多，易于检出，检测方法较简单，而且具有一定的代表性。
依据这些指示性微生物检出的情况，可以判断样品被污染的程度，并间接指示致病微生物有无存在的可能，以及对人群是否构成潜在的威胁。指示菌的检测为安全提供了重要保障，这已由多年来的实践所证实。
当然，一个项目的卫生标准关系到物理学、化学、毒理学、微生物学等多项综合性指标，卫生微生物学标准只是其中一部分，但它却与人群的健康和生活质量的提高密切相关，因此是十分重要的。
