指示菌（indicator bacteria）（或称指标菌）是在常规卫生监测中，用以指示检品卫生状况及安全性的指示性微生物。常规检验指示菌的目的，主要是以卫生指示菌在检品存在与否以及数量的多少为依据，对照国家卫生标准，对检品的饮用、食用或使用的安全性做出评价。

依据目前实际应用情况可将其分为三种类型：

第一种类型的指示菌是为了评价被检样品的一般卫生质量、污染程度以及安全性，最常用的是菌落总数、霉菌和酵母菌数。

第二种类型是特指粪便污染的指示菌，主要指大肠杆菌和大肠菌群，其它还有肠球菌、亚硫酸盐还原梭菌等。它们的检出标志着检品受过人、畜粪便的污染，而且有肠道病原微生物存在的可能性。

第三种是其它指示菌，包括某些特定环境不能检出的菌类（如特定菌、某些致病菌、或其它指示性微生物），这些指示菌，在不同的样品中有不同的指示意义，将在后面分别叙述。

二、指示菌的选择标准

（一）一般卫生指示菌的选择标准

  作为一般卫生质量和安全性评价的指示菌，依据不同的样品有不同的目的要求，总的选择原则是易于检出，检验方法比较简单、方便，有一定的代表性等。

（二）粪便污染指示菌的选择标准

作为理想的粪便污染指示菌，一般认为应具备下列条件：

1．是人及温血动物肠道正常菌群的组成部分，而且在数量上占有优势。

2．在被人或动物粪便污染的样品中易捡出，未被粪便污染的样品中无此种菌存在。

3．排出体外后，在外环境中存活时间与肠道致病茵大致相似或稍长。

4．如作为饮用水的指示菌，对氯的抵抗力应不低于肠道致病菌或略强，而且进入水中不会再繁殖。

5．检验方法简便，易于检出和计数。

实际上，没有任何一个菌种能完全满足上述要求，但有少数细菌可以接近这些要求。