丝状真菌的鉴定主要根据形态特征。形态特征包括群体形态和个体形态。

1. 群体形态

群体形态即菌落的形态。观察菌落形态时多采用固定的培养基，将固体培养基制成平板，以点植法接种，即用接种针尖沾取少量孢子点植在平板上适当的位置，例如中心，或三角形的三点。然后于25－28℃培养一定时间（如2、4、7、10天）进行观察，观察时可用肉眼或借助放大镜、低倍镜、解剖镜等。观察的要点一般包括下列几项：

（1）大小：它反映生长或发育速度，通常测量菌落的直径。

（2）颜色：包括菌落表面子实体、气生菌丝、菌核的颜色和基内的颜色，还应注意培养基颜色的变化。

（3）菌落表面的纹饰：如皱纹、辐射沟纹、同心环、整个菌落致密或疏松等。

（4）菌落的质地：即菌落外观呈毡状、绒毛状、棉絮状、粉粒状、革质状，有无成束状或绳状的气菌丝。

（5）菌落的高度：菌落扁平或凸起，中心部分凸起或凹陷。气生菌丝的高度。

（6）菌落的边缘：全缘、锯齿状、树枝状等。

（7）渗出物：指菌落表面有无液滴、液滴的颜色和数量。

2. 个体形态

个体形态指菌丝的特征，子实体的形态(如孢子囊。子囊壳、子囊、担子果等的形态)，孢子的形态（如孢囊孢子、分生孢子、芽孢子、节孢子、厚垣孢子、卵孢子、接合孢子、担孢子等）。由于丝状真菌的个体大都较小，必须制成载片标本在显微镜下观察。丝状真菌的制片比较简单，通常将乳酸苯酚（Lactophenol）液一滴，滴于载片上，再用解剖针挑取欲观察的培养物置此液滴内，并且用针尖将其分散开勿使成团，盖好盖片即得载片标本。这种载片可保存数月，如盖片四周涂封漆则可保存数年。