重金属污染的特点是因其某些化合物的生产与应用的广泛，在局部地区可能出现高浓度污染。另外，重金属污染物一般具有潜在危害性。它们与有机污染物不同，水中的微生物难于使之分解消除(可称为降解作用)，经过“虾吃浮游生物，小鱼吃虾，大鱼吃小鱼”的水中食物链被富集，浓度逐级加大。而人正处于食物链的终端，通过食物或饮水，将有毒物摄入人体。若这些有毒物不易排泄，将会在人体内积蓄，引起慢性中毒。在生物体内的某些重金属又可被微生物转化为毒性更大的有机化合物(如无机汞可转化为有机汞)。例如众所周知的水侯病就是由所食鱼中含有氯化甲基汞引起的，“痛痛病”则由镉(Cd)污染引起的。这些震惊世界的公害事件都是工厂排放的污水中含有这些重金属所致。重金属污染物的毒害不仅与其摄入机体内的数量有关，而且与其存在形态有密切关系，不同形态的同种重金属化合物其毒性可以有很大差异。如烷基汞的毒性明显大于二价汞离子的无机盐；砷的化合物中三氧化二砷(As₂O₃，砒霜)毒性最大；钡盐中的硫酸钡(BaSO₄)因其溶解度小而无毒性；BaCO₃虽难溶于水，但能溶于胃酸，所以和氯化钡(BaCl₂)一样有毒。

无机污染物中的氰化物(KCN．NaCN)的毒性是很强的，氰化物以各种形式存在水中，人中毒后，会造成呼吸困难，全身细胞缺氧，导致窒息死亡。氰化物主要来自各种含氰化物的工业废水，如电镀废水、煤气厂废水，炼焦炼油厂和有色金属冶炼厂等的废水。