在基因组进化过程中，转座因子在许多方面起作用。最明显的效应是转座子能够启动重组，最后导致基因组重排。这种作用与这些转座因子的转座活性无关，而只是由于染色体上有某一转座因子的几份拷贝，于是在同一染色体或不同染色体上有着相同转座因子序列的部位之间发生重组。重组的结果可能会缺失若干个有重要功能的基因而出现有害效应，但有时确实也有产生了有利效应的重组。反转录转座因子的转座作用可以引起非编码序列DNA的重排，当基因组的一段DNA序列在RNA聚合酶的作用下产生其RNA拷贝，然后在反转录酶催化下，以这个RNA为模板合成DNA拷贝，然后插入基因组的其他部位，由此既增加了基因组的大小，又增加了重复序列。
重复序列L1是一种反转录转座子，除了它本身可在哺乳动物基因组上从一个位置移到另一位置外，L1还可能通过“通读”(readthrough)机制将其3，端的非L1序列转录成RNA，再反转录成DNA拷贝，而后连同L1一起转座到基因组的新的位置，这样使基因组上原先不连锁的两个DNA片段连接在一起。这一过程被称为3’端转导作用(3'—transduction)，其结果除了扩大基因组的大小，生成新的重复序列外，还有可能由此而形成新的基因，果蝇的一个基因(jingwei)就是乙醇脱氢酶基因的DNA插入了另一个无关的DNA序列中形成的。从近期效应看，转座因子如插入基因编码序列中通常会引起基因失活，因此转座作用对细胞的生存多半是有害的，所以转座因子通常是被甲基化的，使其所含的转座酶基因的转录受抑而不发生转座行为。可是，从进化的角度看，转座因子的转座作用对于基因组的进化则有潜在的有利效应。