同源染色体上占有同一基因座的两个以上的等位基因。在二倍体生物的个体中，每一基因座上只有两个等位基因。但在生物群体中，等位基因的成员可以在两个以上，甚至多到几十个。这样，在同一基因座上的许多不同的等位基因就构成了一组复等位基因，其作用相似，都影响同一器官或组织的形状和性质。复等位基因来源于某基因座上某个野生型等位基因的不同方向的突变。通常用1个英文字母作为该基因座的基本符号，不同的等位基因就在字母的右上方作不同的标记，字母的大、小写则表示该基因的显隐性。现假定群体某基因座上有n个复等位基因，则有n（n 1）/2种不同的基就是由于3个等位基因组成的一组复等位基因（I^A、I^B、i）决定的，对于每个人，只能有其中的两个基因。基因I^A、I^B、i分别决定A、B、O血型，这里I^A和I^B都对i为显性，I^A和I^B为共显性，i为隐性基因。这样，基因型I^AI^A、I^Ai为A血型，而I^BI^B、I^Bi为B血型，I^AI^B为AB血型，ii为O血型，因此人群有6种基因型和4种表现型。复等位基因广泛存在于各种生物中，如亚洲瓢虫的鞘翅色斑遗传至少有19个复等位基因控制，烟草的自交不育由15个复等位基因控制等等。复等位基因的遗传方式遵循孟德尔规律。